胶囊滞留是最主要的并发症。
如检查胶囊内镜前肠道准备不充分，有粪便残留或伴有严重功能障碍，或在检查过程中出现技术问题等。都有可能会因无法获取充足的影像信息而导致检查失败，需另行其他检查予以诊断。
肠梗阻，如滞留于肠道狭窄近端或巨大憩室内，并确定不能自然排出者一般需通过手术取出，但这一发生率不到1%。
胶囊滞留于体内会发生裂解，其在人体的安全留置期限尚不明确。极少数患者可能会因胶囊滞留导致肠梗阻而需要手术治疗。

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