三个月宝宝睡觉的时候摇头抓耳朵的原因主要有以下几个方面：
第一，宝宝睡觉的环境有蚊虫的叮咬，宝宝遭到蚊虫叮咬引起瘙痒的时候只能通过摇头抓耳朵表现出来。
第二，宝宝睡觉的时候温度不适宜，会导致宝宝心情的烦躁，通过摇头抓耳朵反应出来。
第三，宝宝否缺少微量元素，尤其是缺维生素D或者缺钙，会导致神经系统过于兴奋，影响宝宝的睡眠，出现摇头抓耳朵。
第四，宝宝出现过敏、湿疹等症状，皮肤上出现湿疹会出现瘙痒难忍，宝宝也会摇头抓耳朵。
第五，宝宝患有某些疾病，像颅内占位疾病、中耳炎以及感染性疾病，宝宝身体难受，会出现摇头抓耳朵，有的还会哭闹。

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