生殖器疱疹平均潜伏期一般是2~14日，平均是4日。生殖器疱疹是由人类单纯疱疹病毒感染所致的传染性疾病。单纯疱疹病毒分为两个血清型即一型和二型。
一型单纯疱疹病毒主要在口唇病灶所获得，主要引起生殖器以外的皮肤黏膜的感染。而二型单纯疱疹病毒由生殖器病灶所分离得到，主要引起生殖器部位的皮肤黏膜的感染，因此又称为生殖器疱疹。病毒可长期潜伏在局部神经节细胞中，当患者出现发热、受凉、劳累等免疫功能低下时，潜伏的单纯疱疹病毒能被再次激活而导致疾病发生。

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