肝脏是人体进行新陈代谢的重要器官，膳食中的蛋白质被消化分解，产生的氨经吸收入血后，可通过肝脏代谢转变为尿素，最终经肾脏排出体外，因肝硬化等原因，导致肝功能减退或门体分流后，氨等毒性物质可不经肝脏代谢，而直接入血，导致血中氨等毒性物质水平增加，引发多种中枢神经系统功能失调症状。
如病情持续进展，患者还可出现意识障碍，甚至昏迷，这种由肝功能减退或门体分流，导致有毒物质堆积，所引发的中枢神经系统功能失调综合征，称为肝性脑病。影像学检查主要包括，急性的肝性脑病患者进行头部CT，核磁共振检查可以发现脑水肿。慢性肝性脑病患者，则可发现不同程度的脑萎缩。另外，磁振波谱分析是一种可以测定，慢性肝病患者大脑枕部皮层，和顶部皮质胆碱、谷氨酰胺，肌酸等含量的办法。轻微的肝性脑病，甚至一般的肝硬化患者，都可以有某种程度的改变。

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