眼睛囊肿需要根据病因、临床症状采取相应治疗措施。
眼睛囊肿最常见的就是睑板腺囊肿，也叫霰粒肿，是由于睑板腺开口阻塞，睑板腺管的分泌物不能正常排出，长时间堆积后形成的局部囊肿。睑板腺囊肿并没有明显的疼痛症状，在病变的初期，囊肿比较小的时候，通过热敷可以让其自行吸收，热敷时可以一次15-20分钟，一天坚持三次；如果局部堆积得过大，形成了比较大的囊肿，在囊肿的周会围形成一层厚厚的囊壁，这时热敷基本上就没有效果了，在这种情况下只能通过手术的方式进行切除。它的方法是在表面麻醉后在结膜面上进行，此时切除后一般不会产生较大的瘢痕，并且一般不会影响视力。
睑板腺囊肿有时会继发细菌感染，此时就形成了麦粒肿，局部会出现明显的红肿和压痛症状，此时需要局部使用抗生素类凝胶或眼膏进行抗感染治疗，如氧氟沙星凝胶、红霉素眼膏等。麦粒肿化脓性感染，局部结节比较大的情况下也需要切开引流，并使用抗生素药物进行抗感染治疗。
此外眼睛部位的囊肿也可能是表皮样囊肿，多发生在眉毛部位的皮肤，一般是先天性的，是骨缝残膜逐渐膨大所形成的局部囊肿，它主要是影响美观，所以建议小时候进行美容手术切除进行治疗。

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